我國保密工作組織機構分為領導機構和管理機構兩大類。領導機構的基本形式是各級黨組織的保密委員會(保密領導小組)。中央保密委員會是我國保密工作的最高領導層，省(自治區、直轄市)、地(市、州、盟)、縣(市、區)三級黨委保密委員會是各地區保密工作的領導機構。上級保密委員會對下級保密委員會的工作負有指導和監督的職權，但是上下級保密委員會之間沒有直接隸屬關系。各級保密委員會都是由本級黨委組建，受本級黨委直接領導，代表本級黨委對其職權范圍內的保密工作進行領導，對本級黨委負責。保密委員會的負責人一般由本級黨委領導班子中的負責同志擔任；委員由黨委、政府及有關部門的負責同志擔任。委員會內部實行委員分工負責制。保密委員會下設辦公室，負責處理保密委員會的日常工作。

除地方各級黨委保密委員會外，中央和國家機關、地方各級黨政機構，以及國有企事業單位也都設立有保密委員會，負責領導本部門、本單位及本系統的保密工作。

保密工作管理機構的基本形式是政府的保密局和機關、單位的保密辦。國家保密局是全國保密工作的最高管理層，是國務院的職能部門，主管全國的保密工作。省(自治區、直轄市)、地(市、州、盟)、縣(市、區)保密局，是各級政府管理保密工作的職能部門，對本級政府負責。國家保密局與中央保密委員會辦公室為一個機構，兩塊牌子。地方政府保密局與本級黨委保密委員會辦公室，也是一個機構，兩塊牌子。

除各級政府保密局之外，中央國家機關、縣級以上國家機關和涉及國家秘密的單位(如高校、大型企業單位、大型事業單位)，一般也設立保密工作管理機構(通常稱保密辦公室或保密處)或指定某個部門承辦日常保密管理工作。