1. 利益主體不同。工作秘密直接涉及的利益主體是有關國家機關，一旦泄露僅對有關國家機關履行國家賦予的權力和職責等局部利益造成危害；而國家秘密直接涉及的利益主體是國家，一旦泄露會對國家的整體利益造成危害；

2. 確定方式不同。工作秘密的確定以各級國家機關自行確定為主，對少數中央國家機關有統一規定或明確授權的，才從其規定；國家秘密的確定必須依法進行，必須在國家保密工作部門會同有關中央國家機關制定和頒發的《國家秘密及其密級具體范圍的規定》的范圍內操作，不得隨意確定；

3. 標志不同。屬于工作秘密的文件、資料及其他載體，可以以“內部”作標志，不得標上國家秘密的密級標志；

4. 管理不同。各級國家機關對工作秘密的管理可以參照國家秘密的管理辦法，但不需要按照法定的程序加以規范。例如，傳遞國家秘密文件、資料或其他物品，必須通過機要郵政，不得通過普通郵政傳遞；傳遞工作秘密的文件、資料或其他物品，則沒有統一的要求，可以由各機關自行選擇；

5. 適用的法律不同。對工作秘密加以保護所適用的法律規范是《國家公務員法》，主要以行政手段對工作秘密給予法律保護；而對國家秘密的保護則適用《保密法》，不僅可以使用行政手段，還可以使用法律手段；

6. 責任不同。工作秘密泄露后，有關責任人只承擔行政責任，只會受到相應的行政處分；而泄露國家秘密，則要根據可能產生的危害后果及其他情節確定有關責任人應當承擔的法律責任。情節輕微、后果不嚴重的，可以承擔行政責任，情節和后果嚴重的，則要承擔刑事責任；

總之，由于工作秘密與國家秘密各自涉及的利益主體不同，一旦發生泄露所造成的危害后果在范圍和程度上都有很大差別。因此，對工作秘密的保護力度要明顯小于對國家秘密的保護力度。其他方面的差別都由此而來。